1、遂宁变压器各侧额定电压和额定电流各不相等，因此各侧电流互感器的型号一定不同，而且各侧三相接线方式不尽相同，所以各侧相电流的相位有也可能不一致，将使外部短路时不平衡电流增大，所以遂宁变压器纵差保护的最大系数比发电机的大，灵敏度相对来说要比较低。
2、遂宁变压器绕组常有调压分接头，有的还要求带负荷调节，使遂宁变压器纵差保护已调整平衡的二次电流又被破坏，不平衡电流增大，这样将使遂宁变压器纵差保护的最小动作电流和制动系数都要相应加大。
3、对于定子绕组的匝间短路，发电机纵差保护完全没有作用。遂宁变压器各侧绕组的匝间短路，通过遂宁变压器铁芯磁路的耦合，改变了各侧电流的大小和相位，使遂宁变压器纵差保护对匝间短路有作用。
4、无论遂宁变压器绕组还是发电机定子绕组的开焊故障，它们的完全纵差保护均不能起到保护作用而动作，但遂宁变压器还可以依靠瓦斯保护或压力保护。
5、遂宁变压器纵差保护范围除包括各侧绕组外，还包含遂宁变压器的铁心，即遂宁变压器纵差保护区内不仅有电路还有磁路，明显违反了纵差保护的理论基础（基尔霍夫电流定律）。而发电机的纵差保护对象内只有电路的联系，在没有故障时，不管外部发生什么故障，各相电流的矢量和总为零。
